Александр Парфеньевич Бородин родился 28 сентября 1848 г.в семье военных. В 1870 г. окончил Петербургский технологический институт и в 1872 г. — институт инженеров путей сообщения. Он стал ассистентом профессора И.Вышнеградского, основателя научной школы по конструированию машин.
По рекомендации Вышнеградского Бородин назначается заведующим подвижным составом и водоснабжением Рижско-Вяземской железной дороги, а с начала 1877 г. — управляющим Киево-Брестской железной дороги.
Бородин сразу же после назначения на Киево-Брестскую железную дорогу, запущенную после русско-турецкой войны, начал тщательно изучать организацию службы тяги и подвижного состава. Он выработал единую систему прогрессивных мер по улучшению деятельности всех звеньев железной дороги. Это — четкая и бесперебойная работа железнодорожных мастерских Киева и Одессы, которые не только проводили ремонт подвижного состава, но и приступили к строительству товарных и пассажирских вагонов и паровозов. Задолго до широкого применения электричества, в мастерских оно уже было, и Бородин демонстрировал его общественности Киева. Бородин считал мастерские «заводами специального назначения».
С августа 1879 г. Бородин — главный инженер службы подвижного состава, тяги и мастерских Юго-Западных железных дорог.
В 1879 году Бородин организовал на Юго-Западной железной дороге лабораторию, которая исследовала воду, топливо, смазочные материалы, металлы, применяемые для эксплуатации и ремонта подвижного состава.
Эта была первая такая лаборатория в стране, а ныне на каждой дороге есть дорожные лаборатории, а при всех локомотивных депо деповские химико-технические лаборатории. В 1880 г. на базе киевских мастерских Юго-Западных железных дорог им была создана первая в мире паровозная лаборатория для их испытания в стационарных условиях. Затем, в 1902 году такая же лаборатория была создана на Путиловском заводе в Санкт-Петербурге, она носила имя Бородина.
Опытный паровоз (испытывался тип 1-2-0) устанавливался в специальном стойле и, работая на месте, приводил в действие все станочное оборудование мастерских. Ведущая колесная пара, отделенная от спаренной, несколько приподнималась над рельсами, и на ее правый, обточенный под шкив, бандаж надевался ремень, действующий на шкив трансмиссионного вала. Поглощаемая мощность, необходимая для приведения в действие станков, составляла около 90 л.с. при 100 об./мин. ведущих колес, что соответствовало скорости 30-32 км/час по рельсовому пути.

В 1880 г. были проведены лабораторные опыты с применением паровых рубашек цилиндров, а в 1881 г. — с машиной, переделанной на двойное расширение. Отсутствие более сильного тормоза ограничивало возможность реализации большой мощности. Это и привело А. П. Бородина к мысли о катковом механизме. Все последующие паровозные лаборатории, созданные как в России, так и за границей, осуществлялись по идее А. П. Бородина, т. е. имели катковые механизмы.
Еще в бытность студентом, значительно раньше появления работ швейцарского инженера Маллета, он высказал оригинальную мысль об использовании в паровозах принципа двойного расширения. Позднее, в 1892 г., по инициативе и проекту Бородина был построен первый быстроходный паровоз 2-2-0 с четырехцилиндровой машиной двойного расширения, имеющей с каждой стороны по два наружных цилиндра, расположенных один за другим (система тандем), получивший серию П.
Ему удалось приобрести в 1883 г. единственный в России динамометрический вагон для исследования движения поездов.
Одним из участников опытов, проводимых в лаборатории под руководством А. П. Бородина, был Л. М. Леви. Совместно они разработали методику линейных испытаний паровозов
Бородин впервые в России внедрил на дорогах Украины с 1891 г. большие восьмиколесные товарные паровозы с двумя цилиндрами системы Компаунд и большие быстроходные четырехцилиндровые пассажирские паровозы Тандем-Компаунд (первый паровоз такого типа был построен и испытан Бородиным еще в 1885 году).
Бородин энергично боролся против существовавшей тогда на железных дорогах России разнотипности подвижного состава. Появилась эта разнотипность в виду сотрудничества железных дорог страны, находившихся в ведении акционерных обществ, да и казённых железных дорог с иностранными фирмами. Целью каждой такой фирмы было сбыть побольше своей продукции состоятельному покупателю. При этом дорога заказывала не сотни или тысячи единиц паровозов, а лишь несколько десятков, а то и того менее. В результате на дорогах страны, и даже в одном паровозном депо можно было увидеть весьма пёструю картину, заказать запасную часть на заводе было или проблематично, или невозможно. Бородин требовал введения «нормальных» типов паровозов (т.е. соблюдения неких технических параметров установленных для данного типа паровозов), внедрения взаимозаменяемости деталей и узлов, безусловного запрещения произвольных отклонений от утверждённых чертежей паровозных конструкций.
Большое внимание уделял Бородин и улучшению вагонного парка. В 1880-1882 гг. он разработал проект строительства нормальных товарных вагонов и платформ, который был осуществлен. В 1883 году было опубликована работа А.П. Бородина посвящённая исследованию причин разрывов и изломов вагонных тяговых приборов. В 1882 г.
Впервые на железных дорогах России Бородин учредил механическую и химическую лаборатории, провел большую работу по улучшению водоснабжения паровозов — были закрыты водокачки на небольших станциях, а на крупных применялись новые насосы, велась химическая очистка воды. Это повлияло на состояние паровозных котлов и было одной из главных причин увеличения вдвое пробега паровозов между поступлениями их в капитальный ремонт.
Кстати, Бородин был сторонником замены вышедшего из строя подвижного состава на более усовершенствованные типы, а не «латания дыр». Он хотел, чтобы работа железнодорожников была четкой. Ему удалось выработать единую систему взаимодействия всех звеньев дороги.
Александр Парфеньевич внес огромное количество новшеств организационного характера: — паровозы стали обслуживать двойные и сменные бригады;
— для отдыха паровозной и поездной прислуги на станциях ЮЗЖ дорог были устроены хорошо оборудованные комнаты;
— на крупных станциях были построены «паровозные здания» (депо), которые должны были вмещать все паровозы, требующие укрытия;
— под руководством Бородина на всех четырех дорогах была проведена сортировка паровозов и вагонов и на каждом из 5 участков подобраны их одинаковые серии, что упрощало эксплуатацию и ремонт подвижного состава и тяги.
Большое внимание Бородин уделял кадрам и их подготовке. Поэтому очень важным считал развитие широкого обмена опытом и публикацию научных статей. Бородин считал необходимым для молодых инженеров и техников прохождение практики на производстве.
В 1889 г. Бородин делается управляющим, а с 1895 г. после передачи ЮЗЖ дорог в казну — их начальником. За этот период времени Бородин проводит ряд организационных действий, которых до него еще никто не внедрял на железных дорогах не только России, но и Европы. Он ввел систему премий за сбережение расходов по отдельным работам. Это позволило уменьшить расходы по службе подвижного состава за 10 лет более чем на треть. Подъемная сила вагонов была увеличена с 610 до 750 пудов. При Бородине сеть дорог увеличилась с 2300 до 2692 верст при удешевлении производства. Он провел сокращение высших агентов, нескольких депо и их аппарата, но усилил роль технических агентов, обращая особое внимание на роль счетоводства и тяговой статистики.
Бородину принадлежит идея периодического созыва совещаний начальников мастерских и участков тяги и техников службы подвижного состава ЮЗЖ дорог под его личным председательством и идея созыва совещательных съездов в разных городах России. А.П. Бородин был бессменным председателем съездов инженеров службы тяги железных дорог России. В 1884 году по предложению Бородина на 7 совещательном съезде инженеров службы подвижного состава было принято постановление о предельных размерах осевых шеек, узаконенное Министерством путей сообщения для всех дорог Российской империи. Решение это способствовало увеличению безопасности движения.
Свои идеи Бородин сумел не только применить в деле, но он широко пропагандировал их в трудах «Заметки о механическом устройстве железных дорог», «Организация службы подвижного состава Юго-Западных железных дорог», «Служба подвижного состава ЮЗЖД — в период 1880-1889 гг.», статьях, отчетах о поездках по России и за границей, выступлениях.
Начиная со студенческой скамьи и до конца жизни, Александр Бородин принимал активное участие в работах Русского технического общества. С 1880 по 1896 годы Бородин член Киевского отделения Императорского Российского технического общества, в 1892 г. он возглавил механико-строительный отдел этого общества.
В 1881 г. среди небольшого кружка инженеров возникла мысль издавать на «товарищеских началах» ежемесячный технический журнал «Инженер» (на средства от подписки и объявлений). В 1885 г. его редактором стал А.П.Бородин, а редакция находилась в его доме. Почти в каждом номере были его статьи или отчеты о поездках в Германию, Америку, Францию. Его научный багаж — более 50 статей и трудов. Бородин был членом Общества гражданских инженеров Англии и Франции.
Французское Общество гражданских инженеров 15 июня 1888 г. присудило премию Нозо Бородину за «Исследования и эксперименты по применению пара в локомотивах типа Компаунд на железных дорогах далекого юга России». В 1889 г. председатель Общества Густав Эйфель вручил ему золотую медаль Нозо.
Деятельность Бородина была также направлена на улучшение жизни и условий труда рабочих и служащих Общества ЮЗЖД. На линиях дороги открывались библиотеки, школы, потребительские общества, столовые, дежурные комнаты для паровозных бригад. Бородин активно работал в комитете пенсионной кассы дороги.
Уходя из ЮЗЖД, Бородин пожертвовал пожизненный пенсион на развитие существующих на линии библиотек и создание новых.
В июне 1896 г. Александр Парфеньевич принял пост председателя правления Общества Московско-Виндаво-Рыбинской железной дороги.
В 1896 г. А. П. Бородин переехал в Петербург, где был приглашен в Технологический институт в качестве консультанта при кафедре паровозов и подвижного состава железных дорог.
Умер от воспаления легких 26 марта 1898 года. Проститься с ним в Дворянский клуб на Крещатике в Киеве пришли более сотни человек. Служащие собрали пять тысяч рублей на учреждение стипендии имени Бородина для лучших студентов-путейщиков, в том числе 2300 рублей — на учреждение другой премии его же имени, которую по решению Русского технического общества в виде золотой медали имени Бородина присуждали изобретателям и рационализаторам, внесшим большой вклад в улучшение или исследования в области железнодорожного транспорта.