Систематическая деятельность правительства в области путей сообщения началась еще в 1649 г., когда царь Алексей Михайлович издал Уложение об охране судоходства. При Петре I была учреждена Коммерц-Коллегия, наблюдавшая за сухопутными дорогами. Затем в 1742 г. эти функции перешли к Канцелярии перспективной дороги, а в 1748 г. — к Комиссии о дорогах в Государстве. В 1798 г. Павел I утвердил проект образования Департамента водяных коммуникаций, который в 1809 г. был переименован в Управление водяными и сухопутными сообщениями, в 1820-1832 гг. назывался Главным управлением путей сообщения, а в 1833-1842 гг. — Главным управлением путей сообщения и публичных зданий. В 1842 г. в управлении был создан Департамент железных дорог. Департамент возглавил строительство Петербурго-Московской железной дороги (1842 — 1851). В 1862 г. были завершены Петербурго-Варшавская железная дорога и Нижегородская железная дорога. Уже после появились Министерства путей сообщения.
Создание Министерства путей сообщения (МПС)

15 июня 1865 г. Император Александр II издал Указ об учреждении Министерства путей сообщения России. Руководство публичными зданиями было передано в ведение Министерства внутренних дел, а телеграф — Главному почтовому департаменту. В МПС был сохранён Департамент железных дорог, и создано Управление Главного инспектора частных железных дорог.

Первым министром путей сообщения был назначен Павел Петрович Мельников — выдающийся ученый, талантливый инженер и организатор. Его перу принадлежит первая в России книга «О железных дорогах», многочисленные монографии, статьи, которые охватывают широкий и разнообразный круг вопросов, касающихся железных дорог. Труды П.П. Мельникова положили начало железнодорожной науке, многим теоретическим разработкам, которые он претворял в жизнь при руководстве строительством железнодорожных линий. Благодаря Мельникову Министерство путей сообщения становится одним из самых авторитетных ведомств России, а служба на железнодорожном транспорте считается одной из самых престижных.
Будучи профессором, П.П. Мельников воспитал плеяду выдающихся инженеров. Одним из них был Константин Николаевич Посьет — министр путей сообщения в 1874-1888 гг., с именем которого тесно связано строительство железных дорог в Европейской части России. В период работы Посьета министром формировалась железнодорожная сеть со сквозными направлениями в Донбассе и Полесье, на Северном Кавказе и Закавказье с выходами на Волгу, к Уралу и в Среднюю Азию. В структуре МПС было образовано:
- Управление строительства (1867 г.)
- Департамент железных дорог и при нём Техническо-инспекторский комитет (1870 г.);
- Управление казённых железных дорог (с 1880 г.);
- Инспекция железных дорог (с 1892 г.).
Народный комиссариат путей сообщения (НКПС)
Первая мировая война подорвала экономику России, отразилось это и на железных дорогах. С конца апреля 1917 г. разруха на транспорте стремительно нарастала. Министерство путей сообщения систематически докладывало правительству о катастрофическом положении железных дорог. После Октябрьской революции советской власти было необходимо усилить централизацию в управлении железнодорожным транспортом. При формировании нового правительства был образован Народный комиссариат путей сообщения (НКПС). В 1932 г. принято решение СНК о реконструкции железных дорог, которое предусматривало:
- усиление пути за счёт укладки более тяжёлых рельсов;
- широкое использование щебёночного балласта;
- создание мощных паровозов (ФД, ИС), большегрузных 4-осных вагонов;
- перевод подвижного состава на автотормоза и автосцепку;
- создание систем полуавтоматической и автоматической блокировки;
- внедрение механической и электрической централизации стрелок и сигналов и др.
Министерство путей сообщения СССР
1946 г. — НКПС был преобразован в МПС СССР. 1954 г. — из состава МПС выделилось Министерство транспортного строительства СССР (с 1992 г. преобразовано в концерн «Трансстрой»). В послевоенное время, завершив восстановление разрушенного хозяйства, МПС выступило с инициативой перспективного (на 20 лет) развития и модернизации железнодорожного транспорта. Программой предусматривалось:
- дальнейшая электрификация;
- внедрение тепловозной тяги;
- автоматизация и механизация производств, процессов;
- реконструкция заводов транспортного машиностроения.
Благодаря реализации программы в 1975 г. протяжённость сети увеличилась на 17,6 тыс. км, объёмы перевозок выросли в 3 раза (3621,1 млн т); 51,7% перевозок осуществлялось электровозами и 47,9% тепловозами; 38,9 тыс. км были электрифицированы; 62,4 тыс. км оснащены автоблокировкой. В 1982 был предложен план развития железнодорожной отрасли, в основу которого положена стратегия внедрения во все звенья транспортного конвейера интенсивных технологий на базе автоматизации производства и более широкой механизации ручного труда. В 1988 был достигнут самый высокий уровень объёма перевозок (4116 млн.т. груза и 4395,9 млн. пассажиров) при увеличении сети только на 3,4 тыс. км. В 1991 г. в МПС была разработана третья программа развития и реконструкции железнодорожного транспорта на период до 2000 года, которая легла в основу дальнейшего развития и модернизации железных дорог России.
Министерство путей сообщения Российской Федерации
20 января 1992 г. — образование МПС Российской Федерации. В 1998 году постановлением Правительства РФ была утверждена «Концепция структурной реформы федерального железнодорожного транспорта», в которой были определены основные задачи и цели перестройки отрасли.

9 марта 2004 г. — МПС России упразднено Указом Президента Российской Федерации № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти». Функции упраздненного министерства — федерального органа исполнительной власти переданы Министерству транспорта Российской Федерации, Федеральной службе по надзору в сфере транспорта и Федеральному агентству железнодорожного транспорта. См. также: Министры путей сообщения